[HME0085A]

grepで Shift_JIS以外の文字コードのファイルを検索対象にした場合、うまく検索されません。

秀丸エディタ Ver.8.50では、エンコードの種類を自動判定が可能です。「その他」→「動作環境」→「ファイル」→「エンコード１」－「ファイルの内容を解析してエンコードの種類を自動認識する」を、 ON にする必要があります。
(全てのエンコードを、間違いなく判定するのは無理です)