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Windows 95ソフトであれば複数のソフトが同時に動くのに、TOVER31.COMだけ、わざわざ常駐秀丸まで終了させないといけない理由がわかりません？

TOVER31.COMは一般的に差分ファイルと呼ばれている物です。この種のソフトウェアは、プログラム本体の一部を書き直します。 TOVER31.COMは秀丸エディタ本体を書き換えるので、秀丸エディタが動いている間は実行できなくしているわけです。