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スタートアップにあるショートカットの設定がおかしいのが原因です。 本来は最小化状態で起動され、通知領域に格納されます。
「その他」→「動作環境」→「常駐機能」 → 「秀丸エディタの常駐」の設定を操作する事で、 正しいショートカットを作成する事が出来ます。
動作環境ダイアログを「OK」で閉じる際に、この設定に従い、 スタートアップへショートカットの削除/作成が行われます。
その為、以下の動作を行えば、ショートカットが一度削除され、 新しいショートカットが再作成されます。