秀丸エディタの「ファイルタイプ別の設定」は、その名の通り、ファイルの拡張子ごとに(*)設定ができる機能です。 そのため、設定したい拡張子に対して正しく設定を行う必要があります。
次に、ダイアログ最上部のドロップダウンリストで、設定のリストを表示し、使用したい設定を選択します。 デフォルトで「共通」「テキストファイル」「C言語ソースファイル」など数種類登録されており、その中から選択するか、 または、更に別の設定リストを作成したい場合は、「設定のリスト…」ボタンを押して、新しく作成することができます。 (ちなみに「共通」は、他の設定リストを使うと設定していない拡張子を開いたときに使われる設定です。)
設定の選択と修正が完了したら、「OK」ボタンを押します。 これで、その拡張子のファイルは、以後その設定で表示されるようになります。
なお、設定のリストは、複数の拡張子で共有できます。例えば、「HTMLファイル」という設定リストを作った場合、 *.htmと*.htmlとそれぞれに上記手順で設定することで、両者が同じ設定を利用することができます。
(*)grepの結果や、「その他」-「プログラム実行」の実行結果ウィンドウについても、 そのウィンドウを表示させた状態から設定できます。