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主にディスプレイドライバのバグによることが多いようです。対策としては、「その他→動作環境→スクロール」の設定を色々いじると、直る場合がありますの で、お試しください。
まず、「スクロール」にあるすべてのチェックボックスをOFFの状態にしておき、少しづつチェック項目を変えて、画面が乱れないかを調べて調整していって ください。
※ なお、秀丸エディタ(Ver.2.15)からはスクロール方式を変更したため、この障害は発生しないようです。最新版を入手すると良いでしょう。