一般に文字コードの判別に関しては、100%の対応はどんなソフトウェアでも難しいので、最終的には目で見て確認するのがベストです。
標準の Shift_JISコードだけを使っている場合には問題は起きません。 しかし他の文字コードも使っている場合には、上書き保存した時に予期せぬ文字コードに変換されてしまうことがあります。 一見しても見分けられないだけに厄介です(^^;)。
自動認識を有効にするには。「その他」→「動作環境」→「ファイル」→「エンコード1」にある、 「ファイルの内容を解析してエンコードの種類を自動認識する」をONにして下さい。