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「動作環境」→「常駐機能」→「秀丸エディタの常駐」のチェックボックスで、常駐のON/OFFを切り替えることが可能です。 動作環境ダイアログを閉じる際に、この設定に従い、スタートアップ内へのショートカットの削除/作成も行います。
なお、秀丸エディタのインストールでは、デフォルトで常駐するように設定されています。 初めて秀丸エディタを使う方は、インストール時の質問にすべて<はい>ボタンを押し続けると良いでしょう。