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以降の内容は、Windows Vista以降のOSで、ユーザーアカウント制御（UAC）が有効になっている場合の内容になります。

Windowsの「VirtualStore」という機能です。

Windows Vist以降、"C:\Program Files"やWindowsのシステムフォルダ等、「保護されたフォルダ」に書き込むには「管理者権限」が必要です。
Windows Vistaより前のWindowsでは、そのような制限がなかったため、対応していないソフトで、「保護されたフォルダ」のファイルを書き換えようとしても、エラーになったり、最悪の場合アプリケーションがクラッシュする事もあります。

その為、過去との互換性を重視し、 "Windows Vista以降に対応していないソフト"で「保護されたフォルダ」のファイルを書き換えた場合、実際のファイルを書き換えるのではなく、別の場所にファイルを作成しそのファイルを書き換えるような動作になってます。

つまり、"Windows Vista以降に対応していないソフト"側から見ると、「保護されたフォルダ」のファイルを書き換えたように見えるが、実際は、Windowsが違う場所にすり替えているという状態です。

読み込み時も同様で、すり替えた場所にファイルが存在すれば、そちらのファイルを開く事になります。
「保護されたフォルダ」のファイルを見た場合、

• "Windows Vista以降に対応していないソフト"は、Windowsが違う場所にすり替えた場所のファイル
• "Windows Vista以降に対応したソフト"は、実際のファイル

という別のファイルを開く事になるので、表示される内容が違ってしまいます。

Windowsがすり替えた場所 は、「%USERPROFILE%\AppData\local\VirtualStore」 になります。
(デフォルトでは、「C:\Users\ログオン名\AppData\Local\VirtualStore」 )

秀丸エディタ 32bit版は、初期状態では、"Windows Vista以降に対応していないソフト"に分類されていますが、設定により"Windows Vistaに対応したソフト"に切り替える事が可能です。(32bitのみ、64bit版秀丸エディタにはない)

切り替えた場合は、「保護されたフォルダ」内のファイル編集・保存するに、管理者に昇格する必要があります。「管理者に昇格」できない場合は、編集は可能ですが、上書き保存する事はできません。

秀丸エディタ Ver.8.79以降の場合、「保護されたフォルダ」内のファイル開いている場合、エディタ画面上部に警告が表示されます。 (VirtualStoreが有効だと表示されますが、無効にすれば表示されない)