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タスクバーの右端に秀丸エディタのアイコンが表示されていますね。そのアイコンをマウスで右クリックし、一番下にある「常駐秀丸の終了」を選択します。

• Windows Vista の場合

  
  

• Windows10 の場合は まとめられているので矢印?(∧)をクリックしないと出てこない場合もあります。

  
  

右クリックで表示されるメニューです。

現時点(Ver.9.34)では、インストール時に秀丸エディタの起動状態をチェックし、起動中の場合は、常駐秀丸エディタを含め終了させることも出来ます。