例えば、拡張子が.INIのファイルへの一時データの読み書きを writeinistr 等で頻繁に行っていたり、頻繁にマクロファイルを execmacro で呼び出している場合などが該当します。

.INIファイルを書き換えるウィルスも出回っている以上、基本的にはこの状況は我慢するしかありませんが、アンチウィルスソフトの種類によってはフォルダやファイルごとにこの機能を無効することが出来ます。 そのような設定が可能な場合は、その動作が遅くなっているマクロがアクセスするファイルを、リアルタイムのスキャン対象から除外すると、速度改善できることがあります。
インターネット等で公開されているマクロを使用している場合は、INIファイルやマクロファイルの格納先フォルダ名やファイル名を付属のドキュメントなどで確認してください。
多くの場合は秀丸をインストールしたフォルダか、マクロフォルダにあります。

＃上記設定変更は、基本的にウィルスに対するガードを下げることになるので、あくまで自己責任でお願いします。仮にこれによってウイルスによる被害が広がっても、一切責任もてません。また実際の設定方法などは、お使いのアンチウイルスソフトの説明書をご覧ください。
リアルタイムのスキャン対象から除外する設定を行った場合は、安全のため除外したファイルを別途スキャンするスケジュールを設定することをお薦めします。

そのマクロがインターネット等で公開されている物の場合、マクロの作者に連絡して .INIファイルやマクロファイルへのアクセス回数が減らせないか対策を依頼してみるのも一法です。:-)