設定するには、「秀丸エディタのセットアップ」画面の中で「Internet Explorer のソース表示に秀丸を使用する(S)」にチェックを入れて、秀丸のセットアップを完了してください。

[補足]
どうしても秀丸3.17以前で利用したい場合は、例えば以下のツールを使って設定することができます。

• 「窓の手」
  http://www.asahi-net.or.jp/~vr4m-ikw/
  WindowsXP用とそれ以外用の２種類があります。

• 「iesrcview」
  http://www.ganaware.jp/S/iesrcview/

• 「メモ帳トラッパー」
  残念ながら現在は作者によるサポートは停止されているようです。そのためWindowsXPでは利用できないようです。
  また、Windows2000では自動修復機能が働いてNotepad.exeが本来のものに修復されてしまいます。これを防ぐためにセーフモードで起動してから使用する必要があるという手間がかかります。
  また、IE6で利用する場合は、別作者による「メモ帳トラッパー for IE6」という差分プログラムを使用する必要があります。

[解説]
IE5以降で、設定できるレジストリが追加されており、秀丸(ver.3.18以降)や窓の手などはこのレジストリを利用しています。
詳細は以下を参照ください。
http://msdn.microsoft.com/workshop/browser/configuration/ClientReg/ClientRegistryLayout.asp