ver.2.15以下の秀丸で TOVER31.COM が同梱されているバージョンの場合、パソコンを再起動後、[HME0037A] ●TOVER31.COMの実行方法は？ で説明されている操作を試してください。
もっとも、ATOK9の使用をやめてWindows95対応のIME（ATOK10以降、MS-IME95以降 等）を使う方が、現実的な対応と言えなくもありません。